接上一部《哥斯拉：怪兽行星》小雄率领的拉决队伍打掉了一只哥斯拉的幼崽引来了巨型哥斯拉几乎全军覆没而小雄则被一个女孩救了这是一个在这个世界进化了两万年的新人类等他再次醒来时发现自己在一间小屋里女孩刚进门的时候看见小雄活了扭头就跑了小雄追了上去两个人在丛林中相遇彼此都没有敌意但是下一刻小雄听到了队友的呼救声当他赶到那里的时候发现是队员和新人类之间发生了冲突小雄让大家放下武器然后就被新人类带去了他们的部落这个部落位于一个地下洞窟里新人类在哥斯拉的威胁下只能在这里苟延残喘随后救小雄的那对双胞胎姐妹用一种仪式唤醒了某种玄学的交流方式新人类是用怪兽魔斯拉的卵来和小雄他们精神沟通的通过沟通新人类了解到小雄他们是来消灭哥斯拉的立马归还武器让小雄他们继续去送死不过这一次他们还派出了双胞胎姐妹随行半中间一直爱慕小雄的女队员遭遇触手怪攻击多亏双胞胎及时出手救下了她之后小雄等人与残余的部队汇合大家决定乘坐登陆舱回主舰放弃地球但小雄不准备回因为就在刚才……